関税法施行令改正で通関業者が知るべき実務対応

関税法施行令改正を通関業者が今すぐ押さえるべき理由

あなたの会社の「保税業務規則」、まだ紙の社内管理規定のままだと6月1日から法令違反です。

令和8年（2026年）3月31日、「関税定率法等の一部を改正する法律（令和8年法律第5号）」が成立・公布されました。この改正は、保税制度の抜本的な強化、不当廉売関税の迂回防止制度の創設、越境EC急増への対応という3本柱で構成されています。

ここで注意が必要なのは施行スケジュールです。同日付で複数の政令・省令・通達も改正されており、「関税法施行令」に関連する改正内容は単一の施行日ではなく、複数の時点に分散しています。それぞれの対応期限を誤認すると、法令違反リスクが生じます。結論はシンプルです。

関税法施行令改正の4段階スケジュールと通関業者への直撃ポイント

今回の改正を「2026年4月にすべて施行される」と思い込んでいる通関業者は少なくありません。これは危険な誤解です。

施行日は以下の4段階に分かれています。

施行日	主な改正内容	対象業種
2026年4月1日	暫定税率404品目延長・課税価格決定特例廃止・AD迂回防止制度創設	越境EC・輸入小売・製造業
2026年6月1日	保税制度改正（業務改善命令・保税業務規則義務化・搬出確認義務）	保税倉庫・フォワーダー・通関業者
2027年10月1日	犯則調査手続きのデジタル化	通関業者・全輸出入企業
2028年4月1日	少額輸入消費税課税（デミニミス課税）・プラットフォーム課税	越境EC・輸入小売

2024年の輸入許可件数は約1億9,000万件と、コロナ禍前の2019年比で約4.1倍に急増しています。その約9割が課税価格1万円以下の少額貨物であり、従来の通関体制では処理能力が限界に達していました。これが今回の大規模改正の直接的な引き金です。

つまり件数が問題です。

通関業者として最初に確認すべきは、自社の取り扱い貨物が4段階のどの施行日に影響を受けるかを棚卸しすることです。同時に、各施行日の対応準備を「遡算スケジュール」として逆算管理することが実務上の最重要アクションとなります。

保税業務規則の義務化で通関業者が即座に対応すべき実務手順

最も多くの通関業者に直接影響するのが、2026年6月1日施行の保税制度改正です。

改正の核心は3点あります。

① 業務改善命令の創設（新関税法第41条の3等）

保税業者が関税法の規定に従って業務を行わなかった場合に、税関長が「業務の遂行の改善に必要な措置をとること」を法的に命令できるようになります。従来は行政指導にとどまっていました。命令→違反→許可取消・罰則という明確な執行手段が整備された点が根本的な変化です。

② 保税業務規則の義務化（新関税法第41条の2）

従来は関税法基本通達に基づく「社内管理規定」を整備すれば足りていました。今後は、保税地域の業務手順・管理体制を規定した「保税業務規則」を関税法上の義務として策定しなければなりません。税関はひな型を公開しています。2026年6月1日が絶対的な期限です。

③ 搬出確認義務の創設（新関税法第34条の2）

外国貨物・輸入許可済み貨物を保税地域から搬出する際に、許可・承認・届出があることを確認する義務が新設されます。確認を怠った場合の罰則も明記されました。これは業務フローの見直しを直接要求するものです。

対応の優先順位はシンプルです。

• Step 1：税関公式サイトから「保税業務規則のひな型」を入手する
• Step 2：ひな型と現行の社内管理規定を比較し、追加・修正が必要な箇所を特定する
• Step 3：搬出確認義務に対応した社内フロー（チェックリスト等）を構築する
• Step 4：特例輸入者承認を持つ企業は、別紙11（特例輸入者審査要領）と自社体制を対照確認する

期限まで時間的余裕はほとんどありません。

関税法施行令改正に対応した業務規則のフォーマット整備については、日本通関業連合会が会員向けガイダンスを提供しています。また、各地区の税関監視部による個別相談窓口も活用できます。

税関「令和8年度関税改正（保税関係）について」 – 保税業務規則のひな型・Q&A等の公式資料一式

関税法施行令改正で新設されたAD迂回防止制度と通関申告実務への影響

今回の改正のなかで、意外に見落とされがちなのが不当廉売関税（AD関税）迂回防止制度の創設です。

G20の中で、日本はこれまでAD関税の「迂回防止制度」を持たない数少ない国のひとつでした。「迂回」とは、課税対象の供給国や品目を形式的に変えながら、実質的に同じダンピング商品を輸出し続ける行為です。これが2026年4月1日から規制対象となりました。

制度が対象とする迂回行為は3類型あります。

• 🔴 第三国迂回：課税対象国→第三国→日本の経路で実質的に同一品を輸出
• 🟡 軽微変更迂回：課税対象品目を形式上一部改変して別品目として輸出
• 🟠 輸入国迂回：部品として輸入し日本国内で組み立て、完成品への課税を回避

通関業者が直接影響を受けるのは申告書の原産地・仕入先の確認精度です。従来の業務フローでは「書類上の発地国」のみを確認していたケースがありますが、今後は実質的な生産地と流通経路の確認が求められる場面が増える可能性があります。

調査は原則10か月以内（最大6か月延長）で完了する時限制が設けられています。また、迂回目的のない正当な経済活動を行う事業者には「除外申請」制度も用意されており、不必要な課税から保護されます。除外申請の存在は実務上重要な知識です。

鉄鋼・アルミ・化学品・電子部品のように既にAD課税命令が発動されている分野の通関を担当している場合、今すぐ取扱貨物の原産地証明書の確認精度を見直すことが合理的な対応です。

財務省「関税定率法等の一部を改正する法律案について（概要）」 – AD迂回防止制度の3類型・調査手続きの詳細を収録

課税価格決定特例の廃止が通関申告に与える具体的影響と見落としやすい誤解

1980年（昭和55年）に制定された「課税価格決定の特例」が、2026年4月1日をもって廃止されました。

この制度は、個人使用に供される輸入貨物の課税価格を「海外小売価格×0.6」で算出できるルールでした。制定当初は海外旅行者のお土産を念頭に置いたものでしたが、越境ECの普及によって適用件数が急増し、特例適用貨物の9割以上が少額貨物となっていました。

ここで注意が必要な誤解があります。

> ❌「課税価格決定特例の廃止 ＝ 消費税の少額免税廃止」は間違いです。

この2つは別制度・別法律です。整理すると。

制度	根拠法	内容	施行日
課税価格決定の特例の廃止	関税定率法	海外小売価格×0.6で課税価格を算出できる特例の廃止	2026年4月1日
少額輸入消費税課税（デミニミス課税）	消費税法	1万円以下の通信販売輸入貨物への消費税課税免除の廃止	2028年4月1日

別制度ということですね。

通関業者への直接影響は、個人輸入・越境EC経由の小口貨物の申告価格算出方法の変更です。特例廃止後は実際の取引価格をもとに課税価格を算出する原則に戻ります。輸入コストが実質的に上昇するため、依頼人への説明責任も生じます。

輸入小売業や越境EC関連荷主との取引が多い通関業者は、2026年4月以降の申告処理フローを今一度確認しておく必要があります。特に依頼人から「特例は使えますか？」と問い合わせが来たときの回答を統一しておくことが現実的な対策です。

犯則調査デジタル化と関税法施行令改正が通関業者の電子記録管理に与える長期的影響

2027年10月1日施行の「犯則調査手続きのデジタル化」は、通関業者にとって短期ではなく中期の課題です。ただし準備は今から始める必要があります。

この改正は、令和7年5月公布の「情報通信技術の進展等に対応するための刑事訴訟法等の一部を改正する法律（令和7年法律第39号）」を踏まえたものです。主な内容は次の3点です。

• 💻 電磁的記録提供命令の創設：USB等の物理媒体を不要とし、裁判所の許可状によるオンラインでの電子データ提供が可能になる
• 📋 捜索・差押許可状の電子化：請求・交付・提示がすべて電子化され、手続き時間が短縮される
• 🗂️ 差押目録・調書の電子管理：資料の真正性確保と税関職員の事務負担軽減

通関業者への実務的影響は「電子的証拠管理体制の整備」です。もし税関の犯則調査の対象となった場合、電子データの提供を求められる可能性があります。紙ベースの管理が残っている会社は、移行計画の検討が必要です。

これは使えそうです。

具体的なアクションとしては、2027年前半を目安に「電子的証拠管理に関する社内規則」を整備しておくことが推奨されます。現在の書類管理システム（NACCS、社内文書管理ツール等）が電子データとして提出可能な形式で保管されているかを確認することが第一歩です。

2028年4月のデミニミス課税・プラットフォーム課税についても、今から仕入価格上昇の影響を荷主に情報提供しておくと、信頼関係の構築につながります。通関業者としての情報価値を高める機会でもあります。

税関「関税法基本通達等の一部改正について（令和7年12月19日）」 – 通達改正の詳細内容と施行スケジュールを確認できる公式資料

書類の種類	メール送付の注意点	推奨管理方法
通関委任状	偽造リスク高。電子署名必須	電子契約サービス＋DMS連携
業務委託契約書	バージョン管理が重要	クラウドストレージ＋版管理
インボイス・パッキングリスト	改ざん時の申告虚偽に直結	PDF化＋ハッシュ値保存
輸出管理関連誓約書	外為法リスクあり	タイムスタンプ付き保存

比較軸	関税評価	移転価格税制
対象	物品のみ	物品・サービス・知的財産
時間軸	通関時点（確定申告的）	年度ベース（遡及確定）
当局の狙い	課税価格を増やす	適正な所得配分を確保
根拠規範	WTO関税評価協定・関税定率法	OECDガイドライン・租税条約
調整の方向	上方修正を重視	上下双方向に調整

週刊ファミ通 2026年6月25日号 No.1951 [雑誌]